Direktorat Fasilitas dan Properti dibentuk berdasarkan Surat Rektor IPB Nomor 014/K13/OR/2003 tanggal 2 Juni 2003 tentang Struktur Organisasi Institut Pertanian Bogor, disyahkan oleh MWA IPB dengan SK MWA Nomor 16/MWA-IPB/2003 tanggal 5 Agustus 2003 tentang Pengesahan Struktur Organisasi Institut Pertanian Bogor.

Ruang lingkup tugas, wewenang dan tanggung jawab Direktorat Fasilitas dan Properti diatur pada pasal 72 SK MWA IPB Nomor 17/MWA-IPB/2003 tanggal 5 Agustus 2003 tentang Anggaran Rumuah Tangga IPB, yaitu melaksanakan administrasi dan pengelolaan fasilitas dan properti IPB.

Tahun 2004 sebagai tahun pengendaliaan system kualitas, Direktorat Fasilitas dan Properti Institut Pertanian Bogor melaksanakan program kerja  dengan titik berat pada peningkatan manajemen fasilitas dan properti dengan target utama terpusatnya pendidikan S1, S2 dan S3 di Kampus Darmaga.

Untuk mendukung pelaksanaan ruang lingkup tugas, wewenang dan tanggung jawab Direktorat Fasilitas dan Properti tersebut, maka pada tanggal 10 Maret 2008 dilantik Direktur dan pada tanggal 9 April 2008 dilantik Kasubdit dan Kasie pada tiga Sub Direktorat dan empat Seksie, yaitu Sub Direktorat  Inventarisasi Fasilitas dan Properti, Sub Direktorat Pengelolaan Fasilitas (terdiri dari Seksie Fasilitas Kantor dan Seksie Fasilitas Akademis), dan Sub Direktorat Pengelolaaan Properti (terdiri dari Seksie  Instalasi Bangunan dan Listrik, serta Seksi Taman, Jalan dan Lahan).

Direktorat Fasilitas dan Properti melayani dan memfasilitasi seluruh unit kerja IPB.  Saat IPB terdiri atas 9 fakultas, yaitu (1) Fakultas Pertanian; (2) Fakultas Kedokteran Hewan; (3) Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan; (4) Fakultas Peternakan; (5) Fakultas Kehutanan;  (6) Fakultas Teknologi Pertanian; (7) Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam: (8) Fakultas Ekonomi dan Manajemen; dan (9) Fakultas Ekologi Manusia. IPB juga mengembangkan Sekolah Pascasarjana dan Program Pendidikan Diploma.  Kantor Pusat IPB saat ini terdiri dari 13 Direktorat, LPPM dan 3 Kantor.